Wer in Deutschland den Beruf des Apothekers annehmen möchte, muss durch eine Approbation nachweisen, dass er die benötigte sachliche Kenntnis und auch die erforderliche Zuverlässigkeit aufweist. Diese Vorgaben sind in der Bundes Apotheker Verordnung festgelegt. Mit einer Zusatzausbildung kann ein Apotheker die Zusatzqualifikation eines Gesundheitsberaters erwerben. Der Ablauf der Ausbildung zu einem Apotheker ist im Gesetz über das Apothekenwesen geregelt.

Ein Apotheker gibt Arzneimittel aus und führt dabei auch ärztliche Rezepte aus. Seit dem GKV-Modernisierungsgesetz ist dies auch über einen Versandhandel möglich. Um den Beruf des Apothekers als Selbstständiger auszuführen, benötigt ein Apotheker neben der entsprechenden Ausbildung auch eine Konzession, die ihm zum selbstständigen Betrieb einer Apotheke bemächtigt.

Selbstständiger Apotheker unterliegen der Niederlassungsfreiheit und sind in Deutschland in verschiedenen Apotheker Kammern organisiert. Als größter Zusammenschluss in Deutschland sind die Bundesapothekerkammer, der Deutsche Apothekerverband und die Bundesvereinigung Deutscher Apothekerverbände bekannt.

Ein Mehrbesitz von Apotheken ist seit dem GKV Modernisierungsgesetz gestattet.