Der Gemeinsame Bundesauschuss wurde zum 1. Januar 2004 mit dem GKV-Modernisierungsgesetz eingerichtet und löste damit 5 bestehende Abschlussgremien ab, die in diesem neuen Ausschuss vereint wurden. Somit ist der Gemeinsame Bundesausschuss seit 2004 das oberste Beschlussgremium der gemeinsamen Selbstverwaltung und tut dies in Form von verbindlichen Richtlinien, die im Leistungskatalog der gesetzlichen Krankenkassen vereint sind.

Mit dem Inkrafttreten des Ausschusses wurde auch Patienten Mitspracherecht für Entscheidungen in der Gesundheitspolitik eingeräumt, auch wenn sie kein Abstimmungsrecht haben und nur bei der Beschlussfassung anwesend sein dürfen. Am 1. Juli 2008 gab es eine entscheidende Veränderung für den Gemeinsamen Bundesausschuss: Durch das GKV-Wettbewerbsstärkungsgesetz wurde die sektoral begrenzte Struktur aufgehoben und ein sektorenübergreifendes Beschlussgremium begründet.

Der Bundesausschuss besteht aus 13 stimmberechtigten Mitgliedern. Es gibt einen unparteiischen Vorsitzenden, zwei weitere unparteiische Mitglieder, je zwei Vertreter der Kassenärztlichen Bundesvereinigung und der Deutschen Krankenhausgesellschaft plus einen Vertreter der Kassenzahnärztlichen Bundesvereinigung.

Der GKV-Spitzenverband stellt noch weitere 5 Vertreter zur Verfügung. Diese Besetzung trifft letztendlich die Entscheidungen. Die drei Unparteiischen üben ihr Amt meist hauptamtlich aus und übernehmen die Vorsitze in den Unterausschüssen. Die wichtigsten Aufgaben ihrer Arbeit sind die Qualitätssicherung und die Entscheidung über den Nutzen von Gesundheitsleistungen.